Rosayen, no tengo la hipoteca en bankinter por lo que no sé exactamente cómo lo hacen. Por lo que tengo entendido, lo de "pasarte primeramente por euros" lo que quiere decir es que te aplican doble fixing sobre el precio medio de contado en cada par. Por ejemplo, al cambiar de francos a yenes, si el EUR/CHF tiene un precio de contado de 1,23, calculan el contravalor en euros dividiendo la deuda ( por ejemplo) por 1,22. Una vez tienen el importe de la deuda en euros, convierten esos euros en yenes. Si el EUR/JPY está en 131, calculan la nueva deuda en yenes multiplicando ( por ejemplo) por 132. ¿ ves en lo que te afecta? Pues eso es el doble fixing, y entiendo que eso es a lo que se refieren con lo de "pasarte primeramente por euros".
Cuando yo cambié de yenes a francos, me aplicaron sólo un fixing, en el precio del CHF/JPY. Pero mi banco no es bankinter. Espero haberte aclarado algo.
Por otra parte, no sé si entiendo bien tu pregunta, y en concreto cuando dices "yo estoy en Francos" y luego dices "o la lio más puesto que me sali de yenes a 104". Luego he leído tu firma y entiendo que ahora estás en euros desde 2012... Para darte una respuesta tendría que ver como han sido tus cambios, cual es tu deuda actual y en qué divisa... Me falta información para opinar.